Historie
Ústav existuje kontinuálně od roku 1927, kdy byl výnosem tehdejšího ministerstva zemědělství č.j. 2376-A/1927 ze dne 2. 3. 1927 založen na bývalém, státem odkoupeném velkostatku hraběte Arnošta Emanuela Silva Taroucy pod názvem „Státní pokusné objekty zemědělské v Průhonicích“. Ředitelem se stal docent Bohumil Kavka. Navázal na zahradnické tradice spjaté s budováním Průhonického parku a s činností Dendrologické společnosti, které se uplatňují v problematice sadovnictví a krajinářství, zahradnické výroby a uplatnění zeleně v sídlech a krajině v propojení se zahradnickou a sadovnicko-krajinářskou praxí až do současnosti, což se odráží i v dnešním názvu organizace. Do něj bylo v novém tisíciletí symbolicky začleněno i jméno hraběte Silva Taroucy, zakladatele Průhonického parku, zakladatele a prvního prezidenta „Dendrologické společnosti pro podporu nauky o dřevinách a zahradního umění v Rakousku–Uhersku“ (1908), po roce 1922 předsedy její nástupnické organizace, „Československé dendrologické společnosti“, a autora několika knih o dřevinách a zahradnictví.
V roce 1936 proběhla reorganizace instituce na „Státní výzkumné ústavy zahradnické v Průhonicích“. To odráželo skutečnost, že zdejší výzkum zahrnoval i jiné zahradnické obory, které později na počátku padesátých let 20. století přešly pod samostatné výzkumné ústavy v Olomouci (zelinářství) a Holovousích (ovocnářství). Po druhé světové válce, která pro ústav znamenala první z kritických období jeho existence, se výzkum ústavu zabýval již téměř výhradně oblastí okrasného zahradnictví a krajinářství. V roce 1946 byl ústav pod názvem „Výzkumný ústav okrasného zahradnictví“ (VÚOZ) v rámci Československých státních statků přičleněn ke šlechtitelskému podniku Oseva. O pět let později došlo k ukončení činnosti Československé dendrologické společnosti a převzetí její spolkové zahrady (dnešní Dendrologické zahrady) ústavem, který již byl opět v gesci ministerstva zemědělství. V roce 1955 byl ústav zařazen pod Československou akademii zemědělských věd a započal řešení výzkumného úkolu „Hodnocení dřevin a květin z hlediska sadovnického použití“, jehož výsledkem byla obsáhlá série publikací o inventarizaci dřevin zámeckých parků v Čechách a na Moravě a okrasných rostlinách od Ing. Karla Hiekeho.
V roce 1962, kdy ústav přešel opět pod přímou správu tehdejšího Ministerstva zemědělství, lesního a vodního hospodářství, stanul před dalším kritickým obdobím. Do té doby byl, stále pod vedením doc. Kavky, jediným správcem komplexu Průhonického parku a bývalé spolkové zahrady Československé dendrologické společnosti a garantoval sadovnický a dendrologický výzkum zaměřený na sortiment okrasných dřevin v zámeckých parcích. K 1. lednu 1962 byl však Průhonický park včetně zámku v rámci delimitace předán Československé akademii věd, resp. Botanickému ústavu ČSAV, který zde vznikl sloučením průhonické a brněnské Geobotanické laboratoře ČSAV. Průhonice byly považovány za vhodné sídlo nově se tvořícího ústavu nejen proto, že zde existoval zámecký park s cenným sortimentem dřevin a že v zámku byl soustředěn rozsáhlý herbář botanického oddělení Národního muzea, ale i proto, že Průhonice byly i díky Výzkumnému ústavu okrasného zahradnictví známé jako centrum zemědělského a zahradnického výzkumu.
VÚOZ však nezanikl a o dva roky později se stal součástí České akademie zemědělské. V druhé polovině šedesátých let 20. století vytvořil prof. Jaromír Scholz „Rajonizaci okrasných dřevin a jejich společenstev v ČSSR“, která je platná a uznávaná i v současnosti. Od sedmdesátých let ústav postupně modernizoval jak strukturu výzkumu, tak i areál historického dvora a pozemky zaniklé Československé dendrologické společnosti v okolí Černého rybníku severně od centra obce Průhonice, kde – jako částečná náhrada za areál Průhonického parku – vzniklo v polovině sedmdesátých let terénní výzkumné pracoviště sadovnického a dendrologického výzkumu ústavu s účelem soustřeďovat, prověřovat a dokumentovat genofondy okrasných rostlin a ukazovat příklady uplatnění jednotlivých druhů rostlin v zahradní a krajinářské tvorbě. V tu dobu již ústav vedl prof. Jiří Mareček, který se stal ředitelem v roce 1971 a který mj. rozšířil i sadovnické oddělení, které řešilo významné komplexní úkoly „Ochrana a tvorba životního prostředí v pražské aglomeraci“ a „Omezování negativního působení civilizačních faktorů zemědělství a potravinářství“.
V roce 1977 byla v rámci činnosti ústavu posílena problematika šlechtění, která navázala na prvorepublikovou i poválečnou tradici průhonického šlechtění okrasných rostlin (pěnišníky, azalky, zakrslé astry, tulipány, chryzantémy, gerbery ad.), a pod novým názvem „Výzkumný a šlechtitelský ústav okrasného zahradnictví v Průhonicích“ a rozšířený o čtyři šlechtitelské stanice se ústav stal součástí VHJ Sempra Praha. Rovněž byly ověřovány nové a efektivní technologie pěstování a ochrany okrasných rostlin ve sklenících. V roce 1979 byla zahájena poradenská služba pro okrasné zahradnictví s pobočkou v Brně. V osmdesátých letech 20. století se také rozšířil záběr fytopatologického výzkumu, který v ústavu existoval již zhruba tři desetiletí, o výzkum živočišných škůdců, testování herbicidů a mykologický výzkum. Byly studovány mimoprodukční funkce zeleně a realizovány výsadby pásů dřevin v zemědělské krajině a podél pozemních komunikací. V roce 1984 byl ústav ustanoven celostátním oborovým informačním střediskem pro obor okrasného zahradnictví a uplatnění zeleně v životním prostředí sídel a krajiny. Zhruba ve stejnou dobu se začal v rámci ústavu rozvíjet i biomonitoring znečištění složek životního prostředí (např. zakázka Ředitelství dálnic Praha a Bratislava na monitorování znečištění půdy a plodin těžkými kovy u nově budovaných dálnic). Koncem osmdesátých let se činnost ústavu obohatila i o výzkum explantátových kultur, jako o novou progresivní metodu množení a ozdravování rostlin, stejně jako o možnosti buněčných a genových manipulací.
V roce 1991 byl ústav pod vedením nového ředitele Ing. Josefa Dostála a pod staronovým názvem „Výzkumný ústav okrasného zahradnictví“ převeden z rezortu zemědělství pod nově vzniklé Ministerstvo životního prostředí jako jeho příspěvková organizace, což znamenalo významný zlom v historii ústavu a ovlivnilo i jeho další činnost a budoucí existenci. K ústavu byla přičleněna dislokovaná pracoviště krajinářského výzkumu v Brně a v Karviné a jeho činnost se postupně měnila podle momentálních požadavků nového zřizovatele. Od roku 1993 byl výzkum ve VÚOZ rozšířen o problematiku biomasy jako obnovitelného zdroje energie a s důrazem na polní testování sortimentu rychle rostoucích dřevin a později i o ekonomické hodnocení, analýzy potenciálu a dopadů výmladkových plantáží na biodiverzitu. Výzkum biodiverzity se od poloviny devadesátých let rovněž zaměřil i na záchranné programy ohrožených druhů bylin i dřevin, a to s využitím jak klasických metod množení, tak i mikropropagačních technik a DNA analýz. Koncem roku 1998 byl řízením VÚOZ pověřen Ing. Miloš Šnytr, kterého v roce 2000 ve funkci vystřídal docent Ivo Tábor. Téhož roku byl změněn název ústavu na „Výzkumný ústav Silva Taroucy pro krajinu a okrasné zahradnictví“.
V roce 2006 musel ústav v rámci rezortu životního prostředí znovu obhajovat svou existenci, tradiční zahradnické zaměření bylo dle požadavků zřizovatele upozaděno a činnost ústavu se rozšířila – zejména díky přičlenění brněnského pobočky AOPK – o další výzkumné obory. Těmi byly zejména výzkum ekologie krajiny s důrazem na hodnocení krajinného rázu, výzkum změn využívání krajiny a dokumentace ÚSES a výzkum ekologie lesa, zejména monitorování a studium vývojové dynamiky přirozených lesů mírného klimatu. V tomto období měl již ústav zkušenost s řešením rozsáhlých výzkumných úkolů, zejména výzkumných záměrů obou pracovišť a projektu VaV „Atlas krajiny ČR“. K 1. lednu 2007 byl ústav na základě zákona č. 341/2005 Sb., o veřejných výzkumných institucích, stejně jako řada dalších rezortních výzkumných ústavů i ústavů Akademie věd transformován ze státní příspěvkové organizace na veřejnou výzkumnou instituci, což se odrazilo i v jeho současném názvu.